Sejarah berdirinya Jurusan Pendidikan Administrasi Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Yogyakarta tentunya tidak terlepas dari sejarah berdirinya Universitas Negeri Yogyakarta (UNY). Sebelum menjadi UNY dulunya bernama Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Yogyakarta. IKIP Yogyakarta sebagai salah satu Lembaga Pendidikan Tenaka Kependidikan (LPTK) berdiri sejak tanggal 22 Mei 1963 berdasarkan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 55 Tahun 1963. Salah satu fakultasnya adalah Fakultas Keguruan Pengetahuan Sosial (FKPS) yang diresmikan oleh menteri PTIP tanggal 21 Mei 1964. Keputusan ini dikuatkan dengan Keputusan Presiden RI Nomor 268 Tahun 1965, tanggal 14 September 1965.

Dalam rangka memantapkan fungsi keguruan di bidang Ilmu Sosial, rektor IKIP Yogyakarta mengeluarkan surat keputusan Nomor 05 tahun 1965 yang isinya antara lain pergantian nama FKPS menjadi Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (FKIS). Untuk menekankan ciri kependidikannya maka berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 54 tahun 1982 tertanggal 7 September 1982 tentang susunan organisasi IKIP Yogyakarta FKIS berubah menjadi Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS).

Selaras dengan Perkembangan Ilmu Pengetahuan Teknologi dan Seni (IPTEKS) dan tuntutan dunia kerja, IKIP Yogyakarta dikembangkan menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 93 tahun 1999, tanggal 4 Agustus 1999. Hal ini diikuti dengan perubahan nama fakultas di lingkungan UNY, FPIPS berubah menjadi FIS, yang disahkan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 274/0/1999 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNY. Dengan perubahan nama tersebut, FIS berwenang menyelenggarakan program studi bidang keguruan dan nonkeguruan.

Upaya perubahan dan pengembangan terus dilakukan untuk memenuhi tuntutan masyarakat. Oleh karena itu diusulkanlah perubahan nama FIS menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE). Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 12 Tahun 2006 Tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 274/O/1999 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Negeri Yogyakarta, FIS berubah menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE).

Guna memenuhi tuntutan perkembangan dunia kerja maka FISE pun berkembang menjadi dua fakultas yaitu FIS dan FE berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 23 Tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNY pada tanggal 22 Juni 2011. Dengan demikian tanggal 22 Juni 2011 ditetapkan sebagai tanggal lahirnya Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Yogyakarta.

Sebelumnya Jurusan Pendidikan Administrasi berada di naungan Fakultas Ilmu Sosial namun berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor : 523 Tahun 2012 Tentang Pengesahan Perpindahan Jurusan Pendidikan Administrasi Program Studi Pendidikan Administrasi Perkantoran (S1) dan Program Studi Sekretari (D3) dari Fakultas Ilmu Sosial ke Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Yogyakarta tertanggal 9 Agustus 2012, Terhitung mulai tanggal 2 September tahun 2012, Program Studi Pendidikan Administrasi Perkantoran (S1) dan Program Studi Sekretari (D3) Fakultas Ilmu Sosial pindah ke Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Yogyakarta.